Nadrzędnym celem Programu jest ochrona zasobów wodnych Głównego Zbiornika Wód Podziemnych Nr 110. Rozwój urbanistyczny miast i gmin usytuowanych na terenie GZWP 110, zapewnienie ich atrakcyjności dla inwestorów oraz konieczność kontrolowanego gromadzenia i odprowadzania ścieków powodują potrzebę wyposażenia tych terenów w odpowiednią infrastrukturę techniczną, zwłaszcza sieci kanalizacji sanitarnej.

Nie bez znaczenia jest ochrona Zatoki Puckiej (wchodzącej w skład Nadmorskiego Parku Krajobrazowego), która została włączona do Bałtyckiego Systemu Obszarów Chronionych (HELCOM BSPA) i tym samym została objęta przez Komisję Helsińską ochroną międzynarodową. Wewnętrzna Zatoka Pucka znajduje się na liście podwodnych rezerwatów przyrody Komisji Helsińskiej (HELCOME) i na liście Światowej Organizacji Ochrony Przyrody (WWF-World Wide Found for Nature).

Rozbudowa systemów wodociągowo-kanalizacyjnych na terenie Gdyni (dzielnica Gdynia-Zachód) wiąże się z realizacją infrastruktury technicznej na terenach rozwojowych, przeznaczonych pod nowe budownictwo. Na terenie pozostałym gmin objętych Programem najczęściej wiąże się to z niedostatecznym rozwojem lub całkowitym brakiem infrastruktury na terenach już objętych zabudową mieszkaniową i przemysłową.