To jeden z problemów miasta. Emisje wielu związków, m.in. wpływających na ocieplenie klimatu (CO₂, metan), można określić jedynie szacunkowo, nie są bowiem prowadzone jej szczegółowe pomiary. Problemem są emisje przemysłowe (SO₂, w mniejszym stopniu pyły), wpływające zarówno na stan najbliższego otoczenia emitorów, jak i na ponad lokalny bilans zanieczyszczeń powietrza. Równolegle występują problemy, tzw. "niskiej emisji" (SO₂, sadza, pyły) zanieczyszczeń, pogarszających warunki w bezpośrednich rejonach emisji, koncentrujące się głównie na terenach intensywnej zabudowy mieszkaniowej starszego typu oraz wzdłuż dużych ulic.
Ogólna emisja dwutlenku siarki w 1998 r. to 20% z terenu Gdyni.
Wynika to z koncentracji na jej terenie dużych źródeł przemysłowych, w tym energetycznych zanieczyszczeń powietrza.